Das Cluster-Management wird durch ein hochrangig besetztes Strategieboard und die Koordinierungsstellen geleistet. Das Strategieboard setzt sich zusammen aus Vertretern der Industriepartner, aus Vertretern der kleinen und mittleren Unternehmen (KMUs) sowie aus Vertretern der Forschungspartner. Es ist zuständig für die Strategieentwicklung im Cluster und steuert die Koordinierungsstelle.

Das Prinzip des Cluster-Managements ist es, die hervorragenden Ressourcen und Kompetenzen der Partner im Cluster in allen Bereichen, zum Beispiel Forschung und Entwicklung, Aus- und Weiterbildung, Kommunikation und Technologietransfer zentral zu koordinieren und zu steuern. Die sich aus der Zusammenarbeit ergebenen Synergie-Effekte stärken den Cluster.

Die Koordinierungsstelle des Software-Clusters befindet sich seit 2007 in Darmstadt. Sie koordiniert die überregionalen Cluster-Aktivitäten und schlägt die Brücke zu den lokalen Standorten in den Regionen. Schwerpunkte der Koordinierungsstelle liegen in Projektmanagement, Kommunikation und Öffentlichkeitsarbeit sowie der Koordination der regionalen Koordinierungsstellen und der verschiedenen Forschungsverbundvorhaben.

Jede dieser regionalen Koordinierungsstellen agiert in zwei Richtungen: Sie arbeitet mit der zentralen Koordinierungsstelle zusammen, um Inhalte, Angebote und Anfragen aus und an den Software Cluster in die Teilregionen zu tragen. Gleichzeitig kommuniziert sie die Interessen der lokalen Software-Unternehmen und Anwender. Außerdem bietet sie den Unternehmen ihrer Region vielfältige Angebote und Dienstleistungen, wie sie auf den folgenden Seiten detailliert beschrieben werden.